تاسست كلية الهندسة مع بداية تأسيس جامعة وارث الانبياء بموجب الكتاب الصادر من وزارة التعليم العالي ذي العدد (ت هـ أ / ك 4727 ) بتاريخ 10/7/2017 م , و قد باشرت بالدوام الرسمي للعام الدراسي 2017-2018 و تتضمن الكلية ثلاث اقسام علمية و هي (قسم هندسة الطب الحياتي - قسم الهندسة المدنية - قسم هندسة التبريد و التكييف) ،و قد تم استحداث قسم هندسة النفط و الغاز و قسم هندسة الطائرات في العام الدراسي 2023-2024 لتصبح بذلك كلية الهندسة بخمسة اقسام علمية ، علماً ان النظام الدراسي في الكلية فصلي  و سنوي و نظام مسار بولونيا و تجدر الاشارة ان المراحل الدراسية هي اربعة مراحل في الاقسام العلمية ( هندسة التكييف و التبريد - الهندسة المدنية -هندسة النفط و الغاز -هندسة الطائرات) و خمسة مراحل لقسم هندسة الطب الحياتي.